Есть два модуля с одинаковым именем:
1."/home/username/lazarus/components/codetools/basiccodetools.pas" из CodeTools 1.0
2."$(LazarusDir)/components/codetools/basiccodetools.pas" из CodeTools 1.0
Оба пакета связаны. Это значит, что либо один из них использует другой, либо оба они используются третьим пакетом.
В чём может быть дело?